1873. november 3-án nyílt meg Debrecen szabad királyi város főreáltanodája. A reáliskolák feladatát a törvények a modern nyelvek, a mennyiségtan (matematika) és a természettudományok fokozottabb tanításában jelölték meg.
Az iskola jelenlegi épületét 1891-ben kezdték építeni, Meixner Károly tervei alapján. A diákok 1893 szeptemberében vehették birtokukba az új alma matert. Az egyre nívósabb oktatást jelezte, hogy 1905-től megjelentek a tanár szakos hallgatók és a reáltanoda gyakorló iskolaként is működött. Kisebb-nagyobb megszakításokkal mind a mai napig jelen vannak az egyetemi, főiskolai hallgatók gimnáziumunkban.
Fazekas Mihály nevét az 1922-1923-as tanévtől viseli az intézmény. A gimnáziumi képzés bevezetésére az 1934-es középiskolai törvény hatására került sor, mely megszüntette a reáliskolákat s egységes gimnáziumi képzést vezetett be.
1949-et követően a középiskolák is jelentős szervezeti és tartalmi átalakuláson mentek át. A változások ellenére a fiúgimnázium továbbra is látványos eredményeket produkált. Ennek egyik oka, hogy a város legerősebb tantestületét mondhatta magáénak. Nem véletlen, hogy az 1956-os forradalom is megérintette az iskola diákjait, tanárait. A "konszolidáció" nevében az iskola irányításában, szerkezetében jelentős változtatásokat vittek véghez. Megszűnt a gyakorló iskolai jelleg, távozott a tantestület jelentős része, új vezetés került a gimnázium élére. Az 1961-es törvény újra lehetőséget teremtett arra, hogy az intézmény újra egytípusú gimnáziummá váljon, mivel leválhatott a politechnikai oktatás. Megindult a tagozatos képzés, ahol a régi reáliskolai hagyományoknak megfelelően a speciális matematika, az idegen nyelvek oktatása került előtérbe.
1991-től lehetővé vált a hat évfolyamos képzés beindítása tehetséggondozó jelleggel. A 2000/2001-es tanévtől megkezdődött a két tanítási nyelvű oktatás magyar-spanyol, illetve magyar-francia nyelven.
Intézményünkben jelenleg, a 2005/2006-os tanévben 870 diák (25 osztály) tanul, 66 fő dolgozik pedagógus munkakörben. A nem pedagógus munkakörben foglalkoztatottak száma 16, ebből teljes munkaidőben dolgozik 13 fő, részmunkaidős 3 fő. Az oktató-nevelő munka 29 tanteremben, két épületben folyik. Könyvtárunk 40000 kötetes állományával nap mint nap a tanulók és a nevelők rendelkezésére áll.
Tantestületünk a 2002/2003-as tanév szeptemberében kezdett el a minőségbiztosítás területén lépéseket tenni. Külső tanácsadó nélkül kezdtük el a minőségbiztosítási rendszer kiépítését minőségbiztosítás szakon szakvizsgázó kollégák irányításával.